RAxML: 20 χρόνια ανάπτυξης λογισμικού ανοιχτού κώδικα για την εξελικτική βιολογία
Σε αυτήν την ομιλία θα ανατρέξω σε 20 χρόνια ανάπτυξης του λογισμικού RAxML για τον υπολογισμό φυλογενετικών δέντρων. Θα εξηγήσω γιατί είναι ανοιχτός κώδικας, τι υπολογίζει, ποια ήταν τα προβλήματα που αντιμετωπίσαμε, και γιατι ξανάγράψαμε το RAxML από την αρχή πριν 4 χρόνια
Bio
Ο Αλέξανδρος (Αλέξης) Σταματάκης σπούδασε επιστήμη υπολογιστών στο Πανεπιστήμιο του Μόναχου και στην Εθνική Σχολή Ανωτέρων Σπουδών της Λυών (εκανε πρακτική στην Αθήνα, στο Παρίσι και στη Μαδρίτη). Το 2001 αποφοίτησε από τη σχολή επιστήμης υπολογιστών στο Πανεπιστήμιο του Μόναχου.
Το 2004 απέκτησε το διδακτορικό του (επίσης στο Πανεπιστήμιο του Μόναχου) για την εργασία του σχετικά με αλγόριθμους και παράλληλο υπολογισμό για τη φυλογενετική εκτίμηση (ανακατασκευή εξελικτικών δέντρων χρησιμοποιώντας δεδομένα DNA).
Συνέχισε να εργάζεται στον τομέα της εξελικτικής βιολογία με χρηση πληροφοριακών συστημάτων και του παράλληλου υπολογισμού ως PostDoc στο Ινστιτούτο Πληροφορικής στο Ηράκλειο της Ελλάδας (2005-2006) και στο Ελβετικό Ομοσπονδιακό Ινστιτούτο Τεχνολογίας στο Λωζάννη (2006-2008).
Στις αρχές του 2008 επέστρεψε στο Μόναχο για να ξεκινήσει τη δική του ανεξάρτητη ερευνητική ομάδα (DFG Emmy-Noether grant), αρχικά στο LMU και στη συνέχεια στο Πανεπιστήμιο του Μόναχο.
Το φθινόπωρο του 2010 μετακόμισε στο Ινστιτούτο Θεωρητικών Σπουδών της Χαϊδελβέργης (HITS) για να αναλάβει τη νέα του θέση ως μόνιμος ηγέτης ερευνητικής ομάδας στον τομέα της υπολογιστικής μοριακής εξέλιξης, που περιλάμβανε επίσης τη διαχείριση ολόκληρης της τεχνολογίας πληροφορικής και υπολογισμού υψηλής απόδοσης στο HITS μέχρι τον Ιούλιο του 2013.
Το καλοκαίρι του 2012 διορίστηκε ως καθηγητής στην σχολή επιστήμης υπολογιστών του Ινστιτούτου Τεχνολογίας της Καρλσρούης. Ο διορισμος συνδέεται με τη θέση του στο HITS.
Από το 2012 έως το 2017 κατείχε επίσης θέση ως επίκουρος καθηγητής στο Τμήμα Οικολογίας και Εξελικτικής Βιολογίας του Πανεπιστημίου της Αριζόνα στο Τουκσον.
Το 2023 επανήλθε στο Ίδρυμα Τεχνολογίας και Έρευνας - Ελλάδα για να αναλάβει τη νέα του θέση ως ERA chair από το 2023 έως το 2027, διατηρώντας παράλληλα θέση ως συνδεδεμένος ηγέτης ομάδας στο HITS και ως καθηγητής στην Καρλσρούη Τεχνολογικό Ινστιτούτο κατά τη διάρκεια άδειας.
Κατατάχθηκε στη λίστα των υψηλά καταξιωμένων ερευνητών του ISI Web of Science (Clarivate Analytics) για τα έτη 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021 και 2022.
Οι κύριοι τομείς έρευνάς του είναι οι αλγόριθμοι, ο παράλληλος υπολογισμός, οι παράλληλες αρχιτεκτονικές και η εξελικτική βιοπληροφορική.